Sunday, May 27, 2018

Miniconda installation on Linux

[root@cdh01 ~]# ./Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda2 -u
PREFIX=/opt/miniconda2
installing: python-2.7.14-h1571d57_31 ...
Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc.
installing: ca-certificates-2018.03.07-0 ...
installing: conda-env-2.6.0-h36134e3_1 ...
installing: libgcc-ng-7.2.0-hdf63c60_3 ...
installing: libstdcxx-ng-7.2.0-hdf63c60_3 ...
installing: libffi-3.2.1-hd88cf55_4 ...
installing: ncurses-6.0-h9df7e31_2 ...
installing: openssl-1.0.2o-h20670df_0 ...
installing: tk-8.6.7-hc745277_3 ...
installing: yaml-0.1.7-had09818_2 ...
installing: zlib-1.2.11-ha838bed_2 ...
installing: libedit-3.1-heed3624_0 ...
installing: readline-7.0-ha6073c6_4 ...
installing: sqlite-3.23.1-he433501_0 ...
installing: asn1crypto-0.24.0-py27_0 ...
installing: certifi-2018.4.16-py27_0 ...
installing: chardet-3.0.4-py27hfa10054_1 ...
installing: enum34-1.1.6-py27h99a27e9_1 ...
installing: futures-3.2.0-py27h7b459c0_0 ...
installing: idna-2.6-py27h5722d68_1 ...
installing: ipaddress-1.0.22-py27_0 ...
installing: pycosat-0.6.3-py27ha4109ae_0 ...
installing: pycparser-2.18-py27hefa08c5_1 ...
installing: pysocks-1.6.8-py27_0 ...
installing: ruamel_yaml-0.15.35-py27h14c3975_1 ...
installing: six-1.11.0-py27h5f960f1_1 ...
installing: cffi-1.11.5-py27h9745a5d_0 ...
installing: setuptools-39.0.1-py27_0 ...
installing: cryptography-2.2.2-py27h14c3975_0 ...
installing: wheel-0.31.0-py27_0 ...
installing: pip-9.0.3-py27_0 ...
installing: pyopenssl-17.5.0-py27hcee3be0_0 ...
installing: urllib3-1.22-py27ha55213b_0 ...
installing: requests-2.18.4-py27hc5b0589_1 ...
installing: conda-4.5.1-py27_0 ...
installation finished.



[donghua@cdh01 ~]$ export PATH=/opt/miniconda2/bin:$PATH

# alternative, create using base python versoin
# /opt/miniconda2/bin/conda create --name py27 

[donghua@cdh01 ~]$ /opt/miniconda2/bin/conda create --name py27 python=2.7
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.5.1
  latest version: 4.5.4

Please update conda by running

    $ conda update -n base conda



## Package Plan ##

  environment location: /home/donghua/.conda/envs/py27

  added / updated specs:
    - python=2.7


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ncurses-6.1                |       hf484d3e_0         943 KB
    pip-10.0.1                 |           py27_0         1.7 MB
    setuptools-39.1.0          |           py27_0         582 KB
    libedit-3.1.20170329       |       h6b74fdf_2         172 KB
    wheel-0.31.1               |           py27_0          62 KB
    python-2.7.15              |       h1571d57_0        12.1 MB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        15.5 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    ca-certificates: 2018.03.07-0
    certifi:         2018.4.16-py27_0
    libedit:         3.1.20170329-h6b74fdf_2
    libffi:          3.2.1-hd88cf55_4
    libgcc-ng:       7.2.0-hdf63c60_3
    libstdcxx-ng:    7.2.0-hdf63c60_3
    ncurses:         6.1-hf484d3e_0
    openssl:         1.0.2o-h20670df_0
    pip:             10.0.1-py27_0
    python:          2.7.15-h1571d57_0
    readline:        7.0-ha6073c6_4
    setuptools:      39.1.0-py27_0
    sqlite:          3.23.1-he433501_0
    tk:              8.6.7-hc745277_3
    wheel:           0.31.1-py27_0
    zlib:            1.2.11-ha838bed_2

Proceed ([y]/n)? y


Downloading and Extracting Packages
ncurses 6.1############################################# | 100%
pip 10.0.1############################################## | 100%
setuptools 39.1.0####################################### | 100%
libedit 3.1.20170329#################################### | 100%
wheel 0.31.1############################################ | 100%
python 2.7.15########################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use:
# > source activate py27
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#

[donghua@cdh01 ~]$



[donghua@cdh01 ~]$ conda list
# packages in environment at /opt/miniconda2:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
asn1crypto                0.24.0                   py27_0
ca-certificates           2018.03.07                    0
certifi                   2018.4.16                py27_0
cffi                      1.11.5           py27h9745a5d_0
chardet                   3.0.4            py27hfa10054_1
conda                     4.5.1                    py27_0
conda-env                 2.6.0                h36134e3_1
cryptography              2.2.2            py27h14c3975_0
enum34                    1.1.6            py27h99a27e9_1
futures                   3.2.0            py27h7b459c0_0
idna                      2.6              py27h5722d68_1
ipaddress                 1.0.22                   py27_0
libedit                   3.1                  heed3624_0
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
ncurses                   6.0                  h9df7e31_2
openssl                   1.0.2o               h20670df_0
pip                       9.0.3                    py27_0
pycosat                   0.6.3            py27ha4109ae_0
pycparser                 2.18             py27hefa08c5_1
pyopenssl                 17.5.0           py27hcee3be0_0
pysocks                   1.6.8                    py27_0
python                    2.7.14              h1571d57_31
readline                  7.0                  ha6073c6_4
requests                  2.18.4           py27hc5b0589_1
ruamel_yaml               0.15.35          py27h14c3975_1
setuptools                39.0.1                   py27_0
six                       1.11.0           py27h5f960f1_1
sqlite                    3.23.1               he433501_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
urllib3                   1.22             py27ha55213b_0
wheel                     0.31.0                   py27_0
yaml                      0.1.7                had09818_2
zlib                      1.2.11               ha838bed_2
[donghua@cdh01 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
py27                     /home/donghua/.conda/envs/py27
base                  *  /opt/miniconda2



[donghua@cdh01 ~]$ source activate py27
(py27) [donghua@cdh01 ~]$
(py27) [donghua@cdh01 ~]$
(py27) [donghua@cdh01 ~]$
(py27) [donghua@cdh01 ~]$
(py27) [donghua@cdh01 ~]$ conda install pandas
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.5.1
  latest version: 4.5.4

Please update conda by running

    $ conda update -n base conda



## Package Plan ##

  environment location: /home/donghua/.conda/envs/py27

  added / updated specs:
    - pandas


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    intel-openmp-2018.0.0      |                8         620 KB
    numpy-1.14.3               |   py27hcd700cb_1          41 KB
    mkl_fft-1.0.1              |   py27h3010b51_0         137 KB
    pytz-2018.4                |           py27_0         211 KB
    python-dateutil-2.7.3      |           py27_0         258 KB
    mkl-2018.0.2               |                1       205.2 MB
    numpy-base-1.14.3          |   py27h9be14a7_1         4.1 MB
    mkl_random-1.0.1           |   py27h629b387_0         361 KB
    blas-1.0                   |              mkl           6 KB
    libgfortran-ng-7.2.0       |       hdf63c60_3         1.2 MB
    pandas-0.23.0              |   py27h637b7d7_0        11.8 MB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       223.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    blas:            1.0-mkl
    intel-openmp:    2018.0.0-8
    libgfortran-ng:  7.2.0-hdf63c60_3
    mkl:             2018.0.2-1
    mkl_fft:         1.0.1-py27h3010b51_0
    mkl_random:      1.0.1-py27h629b387_0
    numpy:           1.14.3-py27hcd700cb_1
    numpy-base:      1.14.3-py27h9be14a7_1
    pandas:          0.23.0-py27h637b7d7_0
    python-dateutil: 2.7.3-py27_0
    pytz:            2018.4-py27_0
    six:             1.11.0-py27h5f960f1_1

Proceed ([y]/n)? y


Downloading and Extracting Packages
intel-openmp 2018.0.0####################################### | 100%
numpy 1.14.3################################################ | 100%
mkl_fft 1.0.1############################################### | 100%
pytz 2018.4################################################# | 100%
python-dateutil 2.7.3####################################### | 100%
mkl 2018.0.2################################################ | 100%
numpy-base 1.14.3########################################### | 100%
mkl_random 1.0.1############################################ | 100%
blas 1.0#################################################### | 100%
libgfortran-ng 7.2.0######################################## | 100%
pandas 0.23.0############################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(py27) [donghua@cdh01 ~]$ source deactivate


[donghua@cdh01 ~]$ conda install jupyter -n py27


[donghua@cdh01 ~]$ conda list -n py27
# packages in environment at /home/donghua/.conda/envs/py27:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
blas                      1.0                         mkl
ca-certificates           2018.03.07                    0
certifi                   2018.4.16                py27_0
intel-openmp              2018.0.0                      8
libedit                   3.1.20170329         h6b74fdf_2
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libgfortran-ng            7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
mkl                       2018.0.2                      1
mkl_fft                   1.0.1            py27h3010b51_0
mkl_random                1.0.1            py27h629b387_0
ncurses                   6.1                  hf484d3e_0
numpy                     1.14.3           py27hcd700cb_1
numpy-base                1.14.3           py27h9be14a7_1
openssl                   1.0.2o               h20670df_0
pandas                    0.23.0           py27h637b7d7_0
pip                       10.0.1                   py27_0
python                    2.7.15               h1571d57_0
python-dateutil           2.7.3                    py27_0
pytz                      2018.4                   py27_0
readline                  7.0                  ha6073c6_4
setuptools                39.1.0                   py27_0
six                       1.11.0           py27h5f960f1_1
sqlite                    3.23.1               he433501_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
wheel                     0.31.1                   py27_0
zlib                      1.2.11               ha838bed_2

[donghua@cdh01 ~]$ conda list -n base
# packages in environment at /opt/miniconda2:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
asn1crypto                0.24.0                   py27_0
ca-certificates           2018.03.07                    0
certifi                   2018.4.16                py27_0
cffi                      1.11.5           py27h9745a5d_0
chardet                   3.0.4            py27hfa10054_1
conda                     4.5.1                    py27_0
conda-env                 2.6.0                h36134e3_1
cryptography              2.2.2            py27h14c3975_0
enum34                    1.1.6            py27h99a27e9_1
futures                   3.2.0            py27h7b459c0_0
idna                      2.6              py27h5722d68_1
ipaddress                 1.0.22                   py27_0
libedit                   3.1                  heed3624_0
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
ncurses                   6.0                  h9df7e31_2
openssl                   1.0.2o               h20670df_0
pip                       9.0.3                    py27_0
pycosat                   0.6.3            py27ha4109ae_0
pycparser                 2.18             py27hefa08c5_1
pyopenssl                 17.5.0           py27hcee3be0_0
pysocks                   1.6.8                    py27_0
python                    2.7.14              h1571d57_31
readline                  7.0                  ha6073c6_4
requests                  2.18.4           py27hc5b0589_1
ruamel_yaml               0.15.35          py27h14c3975_1
setuptools                39.0.1                   py27_0
six                       1.11.0           py27h5f960f1_1
sqlite                    3.23.1               he433501_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
urllib3                   1.22             py27ha55213b_0
wheel                     0.31.0                   py27_0
yaml                      0.1.7                had09818_2
zlib                      1.2.11               ha838bed_2


Reference: https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf